WinME和2000讀片問題??

如果硬碟裡有兩ㄍ開機系統.....一ㄍWIN2000 一ㄍWINME...........
然後在2000和ME燒出來ㄉ片..........
只有ME讀ㄉ出來.........
2000就失敗.............
是什麼情況ㄋ??.........
都是同一台光碟機讀片.....................
會是檔案結構ㄉ關係???

請問是用哪套軟體燒
且是燒什麼樣的東西
請稍微敘述一下