【問題】指定數據庫新目錄除了在my.cnf還有別的檔案嗎？

今天遇到了奇怪的事！
由於存放數據庫的目錄稍嫌小，只有200MB，故把數據庫目錄在 my.cnf 裡設定指向較大的目錄，並已用了半年餘，並未出問題。
但今天突然找不到數據庫，經查，原來是論壇去抓取舊目錄裡的舊數據庫，導致有些數據找不到而產生錯誤。後來重啟 MYSQL 伺服器就又正確的恢復原來新的數據。

請問這是什麼原因？為什麼好端端的論壇會去抓取舊數據庫來用？
是不是我該把舊數據庫刪除？雖然它在別的目錄。還是除了在 my.cnf 裡設定新的數據庫目錄以外，還必須在什麼其他的檔案裡設定嗎？，這樣它才不會又去抓取舊目錄裡的數據庫來用？

請各位大哥、高手不吝賜教。不勝感激。謝謝！

我的伺服器的專機，照理除了我沒有人會動它，但空間商就不一定。
如果空間廠重啟伺服器呢？是不是會造成系統沒有去讀 my.cnf 而用默認的舊數據庫目錄？
如果是有這樣的可能，那麼我想分別在
/etc/rc.local
和
/etc/rc.shutdown
裡加入 MYSQL 伺服器停止和啟動的語句。
請問該怎麼寫呢？